Excentrée du coeur du village, cette vieille bâtisse accueille chaque jour depuis 125 ans des dizaines de voyageurs. Alors que la fréquentation de la ligne TER “des horlogers” ne cesse de croître depuis quelques années, la gare de Saône s’est offert un lifting complet. La transformation de la gare a débuté dès 2003 avec la réfection complète de ses abords. La rénovation de la gare de Saône a permis à celle-ci de devenir la première gare en France à accueillir des écrans d’informations électroniques sur une ligne TER.

La gare est ouverte à la sécurité toute la journée du lundi au vendredi (sauf jours fériés) afin d'effectuer les croisements des TER Besançon-Valdahon-Morteau-La Chaux de Fonds ou des trains militaires facultatifs se rendant à Valdahon.

Un aller-retour assuré en autocar TER Morteau-Besançon dessert également la gare en correspondance avec le TGV.

Correspondances: La gare est desservie par les lignes 83, 91 et 92 du réseau Ginko du Grand Besançon.